Касцёл св. Францішка Ксаверыя звязаны перш за ўсё з дзейнасцю аа. езуітаў у Гродне. Яшчэ ў 1584 г. кароль Стэфан Баторый стараўся, каб айцы-езуіты пабудавалі ў Гродне касцёл і калегіум, для чаго ён ахвяраваў 10 000 польскіх злотых. Жаданні караля здзейсніліся намнога пазней, толькі ў 1622 годзе езуіты пасяліліся ў горадзе над Неманам. У 1625 г. яны адкрылі школу і, праўдападобна, у 1637 г. мелі драўляны касцёл св. Апосталаў Пятра і Паўла.
    Аднак заданнем езуітаў было, паводле пажаданняў караля, пабудаваць вялікі касцёл і калегіум. Складана было пачаць будаўніцтва новай святыні, таму што падчас войнаў горад часта палілі і рабавалі. †

Толькі 21 чэрвеня 1678 г. біскуп Мікалай Слупскі асвяціў вуглавы камень пад будаўніцтва новага касцёла. Будаўнічыя працы пасоўваліся вельмі марудна. У 1683 г. былі пабудаваны толькі фундаменты і падзямелле, у 1697 г. былі ўзведзены сцены, а ў 1691 г. прэзбітэрый накрылі дахам. Ва ўрачыстасць Найсвяцейшай Тройцы ў 1700 г. у яшчэ незавершанай святыні правінцыял езуітаў а. Якуб Гладавіцкі цэлебраваў першую св. Імшу. Толькі 6 снежня 1705 г. хэлмінскі біскуп Тэадор Патоцкі ў прысутнасці польскага караля Аўгуста II і рускага цара Пятра I кансэкраваў касцёл, надаючы яму тытул св. Францішка Ксаверыя. Як і хацеў кароль Баторый, была пабудавана вялікая і цудоўная святыня, даўжыня якой была 60 метраў, шырыня – 30 метраў, вышыня галоўнай навы – 21, 5 метраў, купала – 43 метры, вежы - 65 метраў вышыні, а ўнутры касцёла магло размясціцца звыш 5 тысяч вернікаў, якія маглі свабодна стаяць. У чарговыя гады касцёл станавіўся ўсё больш зграбным як знешне, так і ўнутры.
    Алтары
У касцёле ёсць 12 драўляных алтароў у стылі барока і адзін мураваны алтар. Самым старадаўнім алтаром з’яўляецца алтар св. Міхала-Арханёла. Гэта быў першапачатковы алтар цудоўнага абраза Кангрэгацкай Божай Маці з 1664 г. ён быў перанесены са старога касцёла св. Пятра і Паўла. Перароблены і дапоўнены ў 1725 г., ён заставаўся ў капліцы Кангрэгацкай Божай Маці да пары ўзвядзення новага мураванага алтара, у сувязі з чым быў перанесены ў 1773 г. у цяперашнюю капліцу.
    У 1709 г. былі пабудаваны Крыштофам Пёўхерам з Круляўца 6 бакавых алтароў: св. Станіслава Косткі, Найсвяцейшай Тройцы, Ружанцовай Божай Маці, св. Казіміра, св. Тадэвуша, убічаванага Хрыста. Чарговыя 4 алтары былі ўзведзены ў 1715 – 1716 г.г.: Божай Маці Няспыннай Дапамогі, св. Язафата, Шкаплернай Божай Маці і св. Юзафа.
    Алтар Кангрэгацкай Божай Маці быў узведзены ў 1773 г. гродзенскім езуітам Тамашам Падгайскім. У ім знаходзіцца цудоўны абраз Кангрэгацкай (Студэнцкай) Божай Маці, што з’яўляецца сапраўднай копіяй абраза Снежнай Божай Маці з Рыму. У 1664 г. гэты абраз быў урачыста ўвезены ў Гродна і перададзены айцам-езуітам. Ужо з даўніх пор ён праславіўся ласкамі. У 2005 г. гэты абраз быў укаранованы папскай каронай.
    Галоўны алтар, што быў спраектаваны і пачата яго будаўніцтва 29 верасня 1736 г., быў выкананы Ёганам Шмідтам у ліпені 1737 г.. Гэты алтар з’яўляецца вялікім мастацкім шэдэўрам. Яго вышыня - 21 метр і складаецца з трох паверхаў, змяшчае ў сабе 50 драўляных фігур.
    У 1725 г. у паўночнай вежы быў устаноўлены механічны гадзіннік з пачатку XVI ст.
    У 1725 г. невядомы мастак выканаў 14 фрэсак над аркадамі галоўнай навы і прэзбітэрыя. Яны прадстаўляюць сцэны з жыцця св. Францішка Ксаверыя.
    У 1773 г. наступіла касацыя ордэна езуітаў. Касцёл і калегіум перайшлі ў распараджэнне Адукацыйнай камісіі. З таго часу ў святыні праходзілі набажэнствы для вучняў ваяводскай школы. Пасля пажару Фары Вітаўта ў 1782 г. парафіяльныя набажэнствы праводзіліся ў езуіцкім касцёле, які з таго моманту быў названы Фарным.
    Падчас Другой сусветнай вайны будынак быў не вельмі пашкоджаны. У 1942 г. у святыню былі перанесены арганы з гарнізоннага касцёла. У 1960 г. паводле пастановы мясцовых улад апошні пробашч ксёндз Казімір Шаняўскі павінен быў аставіць парафію і касцёл быў афіцыйна закрыты. Вернікі ж збіраліся ў кожную нядзелю, ажыццяўляючы набажэнствы без святара і св. камуніі. У той час былі спробы замяніць касцёл на музей Гісторыі рэлігіі, а таксама на зал музычнай філармоніі. Дзякуючы гераічным старанням вернікаў святыня перажыла гэтыя часы і засталася Божым домам. Толькі ў 1987 г. савецкія ўлады, пасля шматлікіх спробаў і просьбаў парафіян, дазволілі ажыццяўляць у касцёле 5 св. Імшаў на працягу года.
    У 1988 г. пасля доўгага перапынку быў назначаны першым пробашчам ксёндз Тадэвуш Кандрусевіч, цяперашні арцыбіскуп і мінска-магілёўскі Мітрапаліт.
    15 снежня 1990 г. папа Ян Павел II надаў касцёлу тытул меншай базылікі, а 13 красавіка 1991 г. святыня стала катэдрай новай Гродзенскай дыяцэзіі.
    Касцёл св. Францішка Ксаверыя, сённяшняя катэдральная базыліка, несумненна належыць да найбольшых і велікапышных святынь барока, пабудаваных у XVII ст. на землях Рэчы Паспалітай.