У XVII ст. інтэр’ер драўлянай фары ўпрыгожвалі тры алтары. Галоўны алтар (у 1633 г. узгадваецца як новы) быў трох’ярусны, у цэнтры змяшчалася Укрыжаванне, а наверсе абразы Уваскрасення Езуса і Каранацыі Маці Божай. Бакавыя алтары былі двух’ярусныя: у левым знаходзіліся абразы Звеставання НПМ і Перамянення Пана, у правым – Унебаўзяцця НПМ і Найсвяцейшай Тройцы. Пазней месца ў галоўным алтары займаў цудадзейны абраз Маці Божай з Дзіцяткам, упрыгожаны срэбнымі каронамі, залатым сэрцам на грудзях Маці Божай і адзначаны 41 вотай. Хоры змяшчаліся на правай сцяне касцёла. У званіцы было тры званы.
З 1668 г. пры ваўкавыскай фары як ужо дзеючы згадваецца шпіталь-прытулак, які парафія ўтрымлівала на ахвяраванні вернікаў. Шпіталь спыніў дзейнасць у першай палове ХIХ ст. (апошняе ўзгадванне датуецца 1801 г.). Пры фары дзейнічала таксама парафіяльная школа (першае ўзгадванне – 1633 г., апошняе – 1823 г.).
Новы драўляны касцёл пачалі ўзводзіць у 1712 г. па ініцыятыве ружанскага дэкана кс. Яна Янкоўскага. Гэта была дзвюхвежавая святыня крытая гонтай з сігнатуркай над алтарнай часткай даху, над уваходам на галоўным фасадзе быў змешчаны балкон для капэлы. Усе тры алтары былі трох’ярусныя. Галоўны алтар з абразамі Укрыжавання, Уваскрасення і Сыходжання Святога Духа быў перанесены са старога касцёла; цудатворны абраз Маці Божай быў змешчаны ў правым бакавым алтары разам з абразамі св. Марціна і св. Міхала Арханёла; у левым бакавым алтары знаходзіліся абразы Хросту Пана, св. Вілема і св. Барбары.
У 1739 г. касцёл згарэў. Праз тры гады, у 1742 г., намаганнямі кс. Тэадора Квашыньскага (ён жа 9 верасня 1745 г. зафундаваў альтарыю) была збудавана апошняя драўляная фара ў Ваўкавыску. У 1757 г. віленскі суфраган бп Антоній Жаўкоўскі асвяціў святыню пад гістарычным тытулам св. Мікалая. Галоўны фасад святыні ўпрыгожвалі дзве вежы, дах быў крыты гонтай. Цудатворны абраз Маці Божай ацалеў у пажары і зноў быў змешчаны ў галоўным двух’ярусным алтары, наверсе якога знаходзіўся тытульны абраз св. Мікалая. Бакавыя алтары сталі таксама двух’яруснымі: у левым былі абразы св. Юды Тадэвуша і св. Казіміра, у правым – св. Антонія і св. Юзафа. У 1760-я гг. на цудатворны абраз Маці Божай ваўкавыскі плябан кс. Адам Калантай, пралат-кантар віленскай катэдры, зафундаваў шыкоўную срэбную шату з каронамі. Астатнія абразы таксама мелі срэбныя аплікацыі. Бэльку над прэзбітэрыем завяршала велічнае разьбянае Укрыжаванне. На хорах стаяў васьмігалосны пазітыў. Касцёльны ўчастак быў абнесены парканам, у куце якога стаяла драўляная двух’ярусная званіца з трыма званамі. У часы кампаніі 1812 г. касцёл быў нязначна пашкоджаны і ў хуткім часе адрамантаваны.
Ноччу з 3 на 4 кастрычніка 1827 г. касцёл згарэў дашчэнту. На яго месцы за два месяцы парафіяне пабудавалі драўляны барак з саламяным дахам, які 6 снежня асвяцілі ўсё яшчэ пад тытулам св. Мікалая. Унутры ўсталявалі два часовыя алтары. Цудатворны абраз Маці Божай ізноў атрымалася выратаваць з агню, ён заняў месца ў бакавым алтары, галоўны алтар быў прысвечаны Пану Езусу. У 1832 г. сюды перавезлі частку рэчаў з зачыненага францішканскага касцёла ў Лапеніцы: амбон, фератрон, цудатворны абраз св. Антонія і інш.
Ужо праз год пасля пажару кс. Ян Лэнтоўскі, тагачасны пробашч, разглядаў першыя праекты новай, ужо каменнай, ваўкавыскай фары. Да рэалізацыі быў прыняты адзін з праектаў архітэктара Аляксандра Грудэцкага, паводле якога на сродкі сямей Біспінгаў, Сягеняў, Сліжняў, Ельскіх і інш., а таксама на ахвяраванні шматлікіх парафіян была змуравана трохнававая святыня ў стылі позняга класіцызму. Пры гэтым касцёл узвялі не на ранейшым месцы, а насупраць, па другім баку Ізабелінскага тракту (потым вул. Касцёльная, цяпер – Суворава), там, дзе раней стаяла карчма. Будаўніцтва распачалося ў 1841 г., улетку 1845 г. скончылі ўзвядзенне сцен, а ў лістападзе 1846 г. аб’ём быў накрыты дахам (спачатку гонтавым, а з 1858 г. – бляшаным) з вежачкай. Новы будынак фары быў кансэкраваны 13 жніўня 1850 г. віленскім б-пам Вацлавам Жылінскім пад новым тытулам св. Вацлава, у гонар св. заступніка біскупа.
Касцёл св. Вацлава ў той час уяўляў сабою безапсідную трохнававую прамавугольную ў плане святыню з дзвюма ўнутранымі двухпавярховымі сакрыстыямі. Чацверыковыя вежы галоўнага фасада былі збудаваны толькі на адзін ярус і завершаны атыкам. Шчыт галоўнага фасада завершыла фігура Маці Божай Беззаганай, якую прывёз з Гродна архітэктар Грудэцкі. Ён жа дэмантаваў у 1845 г. пяць старажытных алтароў у зачыненым слонімскім касцёле канонікаў рэгулярных, якія і былі ўсталяваны ў новай ваўкавыскай фары.
Галоўны алтар шасцікалоннай структуры з васьмю скульптурамі Апосталаў і Евангелістаў у цэнтры змяшчаў абраз Укрыжавання (у 1891–1912 гг. тут знаходзіўся абраз Маці Божай з Міжэрычаў, калі там быў зачынены касцёл, пасля – тэракотавая П’ета, прывезеная з Францыі). Цудатворны абраз Маці Божай ізноў быў змешчаны ў бакавым алтары ў акружэнні разьбяных фігур св. Клары, пэўнай святой кармеліткі і двух святых біскупаў дамініканцаў. Другі бакавы алтар быў прысвечаны Пану Езусу: абраз “Езус у Аліўным садзе” пэндзля Доры Янушкевіч акружалі фігуры святых біскупаў Войцеха і Станіслава, а таксама святых кармелітак. Яшчэ адзін сціплы алтар змяшчаў абраз св. Антонія. У 1874–1875 гг. касцёльны ўчастак быў абнесены бутавай агароджай, галоўны ўваход быў пазначаны трох’яруснай вежай-званіцай у стылі класіцызму – чацверыковай, цаглянай і атынкаванай пад чатырохсхільным дахам з глаўкай.
На мяжы ХIХ–ХХ стст., калі пробашчам быў кс. Ігнацый Грыганевіч (1891–1912 гг.), у фары адбыліся некаторыя змены: алтары пабялілі алейнай фарбай, фрагментарна пазалацілі і пасрэбрылі, набылі новыя лаўкі, часовую пабеленую столь замянілі кесонавай, падлогу выклалі тэракотавай пліткай, папярэдні арган аддалі ў касцёл у в. Пескі (цяпер Мастоўскі дэканат), а на яго месцы ўсталявалі новы дванаццацігалосны арган, замянілі пакрыццё даху.
7 лютага 1929 г. фара была пашкоджана жудасным пажарам: усё, што было драўляным, цалкам згарэла, усе карынфскія калоны інтэр’ера пападалі, сцены былі значна апалены, змаглі ўратаваць толькі абсталяванне сакрыстыі і парафіяльны архіў. Напрыканцы красавіка прыбыў прафесар архітэктуры Оскар Сасноўскі, ён выканаў праект адбудовы святыні, які 29 ліпеня зацвердзіла віленская курыя, а 31 кастрычніка і ваяводскія ўлады. Паводле праекта былі дабудаваны вежы-званіцы ў стылі неакласіцызму, прамавугольная апсіда з лесвіцамі на калятарскія ложы над сакрыстыямі, інтэр’ер быў падзелены на навы трыма парамі тасканскіх калон. Пакуль ішло будаўніцтва, вернікі збіраліся на Імшу ў зале парафіяльнага дома ці перад вулічнай капліцай, якую стварылі з брамы-званіцы. 26 кастрычніка 1930 г. быў кансэкраваны галоўны алтар касцёла, а ў 1931 г. віленскі абп Рамуальд Ялбжыкоўскі ўрачыста кансэкраваў і саму фару пад гістарычным тытулам св. Вацлава.
На суседніх з касцёлам старажытных парафіяльных могілках (заснаваныя на пачатку ХIХ ст.) вядома капліца, пабудаваная ў сярэдзіне ХIХ ст. паводле праекта 1848 г. архітэктара Грудэцкага па фундацыі Юзафа Андрушкавіча. Гэта невялікая неагатычная васьмігранная ратонда пад каркаснай шатровай вежачкай. Па-за могілкамі, перад чыгункай, асобным мемарыялам ушанавана памяць салдат польскага войска, загінуўшых у вайну 1919–1920 гг. і II Сусветную вайну. Таксама з ХIХ ст. да фарнай парафіі належыць капліца ў Вайткевічах. Колькасць парафіян перад II Сусветнай вайной дасягала 7600 вернікаў.
Сучасны касцёл св. Вацлава ўяўляе сабой дзвюхвежавую трохнававую святыню, прамавугольную ў плане з прамавугольнай невялікай апсідай, якую фланкуюць уваходы-тамбуры ў двухпавярховыя сакрыстыі.
Інтэр’ер падзелены на тры навы трыма парамі круглых магутных тасканскіх калон, перакрыты плоскай столлю (цэнтральная нава – кесонавай, бакавыя – трошкі ніжэйшай атынкаванай), апсіда ўвенчана цыліндрычным скляпеннем з распалубкамі над бакавымі круглымі вокнамі. У касцёле знаходзяцца тры мураваныя неакласіцыстычныя алтары, усталяваныя ў 1930–1931 гг. Галоўны алтар створаны ў выглядзе трыумфальнай аркі. У цэнтры размешчаны абраз “Святыя Вацлаў і Казімір адаруюць Сэрца Пана Езуса” пэндзля віленскага мастака Людаміра Сляндзіньскага, паміж спаранымі іанічнымі калонамі – фігуры святых апосталаў Пятра і Паўла. Бакавыя алтары двух’ярусныя і дзвюхкалонныя, па сваім стылі падобныя на галоўны алтар: у левым алтары над абразом Унебаўзяцця НПМ змешчаны абраз св. Юзафа з Дзіцяткам, у правым – “Адарацыя Дзіцятка Езус святымі Антоніем і Францішкам” з абразом св. Тэрэзы ад Дзіцятка Езус наверсе. Над нартэксам знаходзіцца балкон арганных хораў на ўсю даўжыню цэнтральнай навы.
Галоўны ўваход бутавай агароджы комплекса фары пазначаны цаглянай і атынкаванай трохпралётнай брамай, якая засталася ад разабранай званіцы 1875 г. Па-за касцёлам, справа, каля 1880 г. тагачасныя калятары фары сям’я Сягеняў гербу Сыракомля ўзвяла сваю капліцу-пахавальню ў неараманскім стылі з жоўтай вонкавай цэглы. Унутры знаходзіцца мураваны алтар з Укрыжаваннем і надмагільныя помнікі (+1822, +1850, +1864, +1879). Цяпер капліца выкарыстоўваецца ў якасці сховішча.
Касцёл дзейнічаў увесь час бесперапынна, з 1970-х гг. мае статус помніка архітэктуры. Рамонтныя працы ў касцёле адбываліся ў 1956, 1985, 1995–1997 гг.
З 1991 г. на парафіі працуюць манаскія сёстры з супольнасці Сясцёр Школьных Нотр-Дам, якія займаюцца катэхезай (катэхетычны дом пабудаваны ў 1994 г.).
Старая плябанія, што стаяла паміж фарай і парафіяльнымі могілкамі, не захавалася. Новая плябанія – аднапавярховы з высокай мансардай будынак з сілікатнай цэглы, пабудаваны ў 1990-я гг. перад могілкамі.