Urodził się w 1860 r. w rodzinie ziemiańskiej pow. lidzkiego. Nauki pobierał w drugim gimnazjum i studiował w Seminarium Duchownym w Wilnie, skąd na dalsze studia został skierowany na Akademię Duchowną w Petersburgu. Po jej ukończeniu w 1885 roku otrzymał święcenia kapłańskie. Jako młody kapłan najpierw został wikariuszem w kościele Bernardyńskim, a później również wikariuszem w parafii św. Jana w Wilnie.

Mając 29 lat życia i 4 lata kapłaństwa, ks. Jan Mokrzecki objął urząd proboszcza w Lipniszkach (1889 r.), piastując go przez 16 lat. W 1890 r. został dziekanem dekanatu Wiszniewo. W międzyczasie, za gorliwą pracę, otrzymał tytuł Honorowego Kanonika Kapituły Wileńskiej.

14 lipca 1890 roku, po objęciu probostwa, w parafii w Lipniszkach doszło do wielkiej tragedii: spłonął drewniany kościół pw. św. Anny. Po tym wydarzeniu ks. Mokrzecki starał się o pozwolenie u ówczesnych władz na budowę nowego kościoła. Po uzyskaniu pozwolenia - 1 maja 1894 roku rozpoczął prace budowlane. Parafia (licząca wówczas ok. 7500 wiernych) pod przewodnictwem swojego pasterza z wielkim zaangażowaniem włączyła się w budowę nowego kościoła, poprzez składanie dobrowolnych ofiar pieniężnych i wykonywanie darmowych prac. Właściciel majątku w Lipniszkach, Stanisław Wolski, na ten cel przeznaczył materiał budowlany, szczególnie drzewo. I już po upływie niespełna 6 lat od rozpoczęcia budowy kościoła - 1 listopada 1900 r. ks. Jan Mokrzecki, dokonał jego poświęcenia.†

Nieco później ks. Mokrzecki i wierni Lipniszek przeżyli jeszcze jeden trudny moment, a mianowicie śmierć współpracownika, wikariusza ks. Stanisława Pietrewicza. Ks. Pietrewicz swoją posługę kapłańską rozpoczął w Lipniszkach. Niestety po roku pracy duszpasterskiej zmarł 7.VI.1905 r. w wieku 24 lat, rok po otrzymaniu święceń kapłańskich. Został pochowany na miejscowym cmentarzu.

W roku 1905 ks. Mokrzecki otrzymał nominację na proboszcza Ostrej Bramy i dziekana miasta Wilno. Jednak w r. 1908 władze administracyjne pozbawiły go tego urzędu i nakazały mu wyjechać na czas nieokreślony na wieś, zabraniając mu mieszkania na terenie miasta Wilna. Przez pewien czas pomagał przy kościele w Bielsku. Stamtąd 28 września 1911 r. przeniósł się do Szczuczyna i tam pracował jako „proboszcz tymczasowy”.

Trudności, jakich doświadczył w Wilnie z władzą świecką jak również przymusowe opuszczenie parafii zniszczyły zdrowie ks. Mokrzeckiego. Choroba neurastenii w Szczuczynie szybko postępowała. Brak pomocy, a często brak współczucia i wyrozumiałości ze strony parafian pogarszał stan jego zdrowia. Nie obeszło się również bez przykrości ze strony oficjalistów majątku Szczuczyna. Podczas 40-godzinnego nabożeństwa w 1912 r. ks. kan. Mokrzecki na tyle zaniemógł, że musiał na zawsze opuścić Szczuczyn. Jego rodzony brat, zabrał go do siebie, do swego majątku na terenie parafii Ciechanów, diecezji Płockiej. Ks. Jan Mokrzecki zmarł 5 czerwca 1913 r.. Został pochowany poza swoją ukochaną diecezją Wileńską.

Ludzie, którzy żyli i pracowali z ks. Mokrzeckim pozostawili po nim wspomnienia. Z nich dowiedzieliśmy się, że był to człowiek o nieprzeciętnych zdolnościach i dobrego serca. Okazywał materialną pomoc ubogim parafianom, hojnie wspierał każdego potrzebującego, a zwłaszcza uczącą się młodzież, która mu za to wiele zawdzięczała.